Kazuho@Cybozu Labs

mysql> EXPLAIN SELECT message.id,message.user_id,message.body FROM message INNER JOIN mailbox ON message.id=mailbox.message_id WHERE mailbox.user_id=2 ORDER BY mailbox.message_id DESC LIMIT 20;
+----+-------------+---------+--------+---------------+---------+---------+-------------------------+---------+--------------------------+
| id | select_type | table   | type   | possible_keys | key     | key_len | ref                     | rows    | Extra                    |
+----+-------------+---------+--------+---------------+---------+---------+-------------------------+---------+--------------------------+
|  1 | SIMPLE      | mailbox | ref    | PRIMARY       | PRIMARY | 4       | const                   | 1070015 | Using where; Using index | 
|  1 | SIMPLE      | message | eq_ref | PRIMARY       | PRIMARY | 4       | test.mailbox.message_id |       1 |                          | 
+----+-------------+---------+--------+---------------+---------+---------+-------------------------+---------+--------------------------+
2 rows in set (0.00 sec)

　こういう場合に役立つのが、MySQL が収集している統計情報を表示する SHOW STATUS 命令です。統計情報の中にある Handler_read_ で始まる一連のプロパティは、MyISAM や InnoDB といったストレージエンジンからデータを読み込むための API が、何回呼び出されたかという情報を保存しています。この値を参照することで、クエリが最適化できているか、正確に判断することができるわけです。以下の例では、２つのテーブルを結合して 20 行取り出すのにあたって、読み込みが約 40 回発生しています。つまり、１テーブルあたり 20 回の読み込みということで、このクエリが最適解である、ということが判断できます。

mysql> flush status;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

mysql> SELECT message.id,message.user_id,message.body FROM message INNER JOIN mailbox ON message.id=mailbox.message_id WHERE mailbox.user_id=2 ORDER BY mailbox.message_id DESC LIMIT 20;
(中略)
20 rows in set (0.00 sec)

mysql> show status like 'handler_read_%';
+-----------------------+-------+
| Variable_name         | Value |
+-----------------------+-------+
| Handler_read_first    | 0     | 
| Handler_read_key      | 24    | 
| Handler_read_next     | 0     | 
| Handler_read_prev     | 19    | 
| Handler_read_rnd      | 0     | 
| Handler_read_rnd_next | 0     | 
+-----------------------+-------+
6 rows in set (0.02 sec)

　EXPLAIN だけじゃよくわからないよ、という人には、お勧めできる手法だと思います。また、より詳しく解析したい方は、Handler_read_ の各項目の意味について MySQL Internals Custom Engine - MySQL Forge Wiki 等を参考に勉強するといいと思います。